O PPGHI possui várias iniciativas de cooperação e intercâmbio com outras instituições do país e do exterior. São exemplos de parcerias as seguintes Universidades e Centros de pesquisa:

Embrapa Agroindústria Tropical, Fortaleza-CE, nas áreas de Melhoramento Vegetal e Biologia Molecular;

Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ-USP), Piracicaba-SP, e Universidade Federal do Recôncavo da Bahia (UFRB), Cruz das Almas-BA, na área de Irrigação;

Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” (UNESP/Botucatu), na área de Fisiologia Vegetal;

Universidade Federal de Alagoas (UFAL), Maceió-AL, na área de Fruticultura;

Universidade Federal de Campina Grande (UFCG), na área de Meteorologia;

Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), Recife-PE,  Universidade Federal de Sergipe (UFS), Aracaju-SE, Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Rio de Janeiro-RJ, Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) e Embrapa Uva e Vinho, Bento Gonçalves-RS, Universidade de Caxias do Sul (UCS), Caxias do Sul-RS, e Universidade Federal de Lavras (UFLA), nas áreas de Enologia e Vitivinicultura;

Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), Recife-PE, nas áreas de Controle Biológico, Fitopatologia e Enologia e Vitivinicultura;

Embrapa Semiárido e Universidade do Vale do São Francisco (UNIVASF), Petrolina-PE, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ), e Embrapa Agrobiologia, Seropédica-RJ, Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), Recife-PE e Embrapa Meio Norte, Teresina-PI na área de Microbiologia do Solo;

Universidade Federal Rural do Semiárido (UFERSA), Mossoró-RN, Universidade Federal da Paraíba (UFPB), João Pessoa-PB, e Universidade Estadual de Feira de Santana (UEFS), Feira de Santana-BA, nas áreas de Melhoramento e Recursos Genéticos Vegetais;

Instituto Agronômico de Campinas (IAC), Campinas-SP, e Universidade Federal de Lavras (UFLA), em Lavras-MG, na área de Entomologia;

Royal Botanic Gardens, Kew – Wakehurst Place – UK, em Londres, Inglaterra, na área de Sementes.

O PPGHI possui termo de cooperação técnica com a Moscamed Brasil – Organização Social (OS) reconhecida pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) – sediada em Juazeiro-BA, com atividades voltadas para a produção em massa de insetos estéreis empregados no monitoramento e manejo integrado de moscas das frutas (Ceratitis capitata), que é responsável pelos maiores danos causados à agricultura no Submédio do Vale do São Francisco e à fruticultura mundial.

Possui ainda interfaces diversas com professores da Universidade do Vale do São Francisco (UNIVASF), da Universidade de Pernambuco (UPE), do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Sertão Pernambucano (IF Sertão-PE) e de pesquisadores da Embrapa Semiárido, Petrolina-PE.